Địa hình: Phần lớn tỉnh Kon Tum nằm ở phía tây dãy Trường Sơn, địa hình thấp dần từ bắc xuống nam và từ đông sang tây. Địa hình của tỉnh Kon Tum khá đa dạng: đồi núi, cao nguyên và vùng trũng xen kẽ nhau. Trong đó:
1) Địa hình đồi, núi: Chiếm khoảng 2/5 diện tích toàn tỉnh, bao gồm những đồi núi liền dải có độ dốc 150 trở lên. Các núi ở Kon Tum do cấu tạo bởi đá biến chất cổ nên có dạng khối như khối Ngọc Linh (có đỉnh Ngọc Linh cao 2.598 m) - nơi bắt nguồn của nhiều con sông chảy về Quảng Nam, Đà Nẵng như sông Thu Bồn và sông Vu Gia; chảy về Quảng Ngãi như sông Trà Khúc. Địa hình núi cao liền dải phân bố chủ yếu ở phía bắc - tây bắc chạy sang phía đông tỉnh Kon Tum. Ngoài ra, Kon Tum còn có một số ngọn núi như: ngọn Bon San (1.939 m); ngọn Ngọc Kring (2.066 m). Mặt địa hình bị phân cắt hiểm trở, tạo thành các thung lũng hẹp, khe, suối. Địa hình đồi tập trung chủ yếu ở huyện Sa Thầy có dạng nghiêng về phía tây và thấp dần về phía tây nam, xen giữa vùng đồi là dãy núi Chưmomray.
2) Địa hình thung lũng: Nằm dọc theo sông Pô Kô đi về phía nam của tỉnh, có dạng lòng máng thấp dần về phía nam, theo thung lũng có những đồi lượn sóng như Đăk Uy, Đăk Hà và có nhiều chỗ bề mặt bằng phẳng như vùng thành phố Kon Tum. Thung lũng Sa Thầy được hình thành giữa các dãy núi kéo dài về phía đông chạy dọc biên giới Việt Nam - Campuchia.
3) Địa hình cao nguyên: Tỉnh Kon Tum có cao nguyên Konplong nằm giữa dãy An Khê và dãy Ngọc Linh có độ cao 1.100 - 1.300 m, đây là cao nguyên nhỏ, chạy theo hướng tây bắc - đông nam.
Khí hậu: Kon Tum thuộc vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa cao nguyên. Nhiệt độ trung bình trong năm dao động trong khoảng 22 - 230C, biên độ nhiệt độ dao động trong ngày 8 - 90C.
Kon Tum có 2 mùa rõ rệt: Mùa mưa chủ yếu bắt đầu từ tháng 4 đến tháng 11, mùa khô từ tháng 12 đến tháng 3 năm sau. Hàng năm, lượng mưa trung bình khoảng 2.121 mm, lượng mưa năm cao nhất 2.260 mm, năm thấp nhất 1.234 mm, tháng có lượng mưa cao nhất là tháng 8. Mùa khô, gió chủ yếu theo hướng đông bắc; mùa mưa, gió chủ yếu theo hướng tây nam.
Độ ẩm trung bình hàng năm dao động trong khoảng 78 - 87%. Độ ẩm không khí tháng cao nhất là tháng 8 - 9 (khoảng 90%), tháng thấp nhất là tháng 3 (khoảng 66%).
Khoáng sản: Kon Tum nằm trên khối nâng Kon Tum, vì vậy rất đa dạng về cấu trúc địa chất và khoáng sản. Trên địa bàn có 21 phân vị địa tầng và 19 phức hệ mắc ma đã được các nhà địa chất nghiên cứu xác lập, hàng loạt các loại hình khoáng sản như: Sắt, crôm, vàng, nguyên liệu chịu lửa, đá quý, bán quý, kim loại phóng xạ, đất hiếm, nguyên liệu phục vụ sản xuất vật liệu xây dựng,... đã được phát hiện. Nhiều vùng có triển vọng khoáng sản đang được điều tra thành lập bản đồ địa chất tỷ lệ 1/50.000, cùng với những công trình nghiên cứu chuyên đề khác,... sẽ là cơ sở quan trọng trong công tác quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của địa phương. Qua khảo sát của các cơ quan chuyên môn, hiện nay, Kon Tum đang chú trọng đến một số loại khoáng sản sau:
1) Nhóm khoáng sản phục vụ sản xuất vật liệu xây dựng: Nhóm này rất đa dạng, bao gồm: Sét (gạch ngói), cát xây dựng, cuội sỏi, đá hoa, đá vôi, đá granít, puzơlan,....
2) Nhóm khoáng sản vật liệu cách âm, cách nhiệt và xử lý môi trường, bao gồm diatomit, bentonit, chủ yếu tập trung ở thành phố Kon Tum.
3) Nhóm khoáng sản vật liệu chịu lửa: Gồm có silimanit, dolomit, quazit tập trung chủ yếu ở các huyện Đăk Glei, Đăk Hà, Ngọc Hồi.
4) Nhóm khoáng sản cháy: Gồm có than bùn, tập trung chủ yếu ở thành phố Kon Tum, huyện Đăk Hà, huyện Đăk Tô.
5) Nhóm khoáng sản kim loại đen, kim loại màu, kim loại hiếm: Gồm có măngan ở Đăk Hà; thiếc, molipden, vonfram, uran, thori, tập trung chủ yếu ở Đăk Tô, Đăk Glei, Ngọc Hồi, Konplong; bauxit tập trung chủ yếu ở Konplong.
6) Nhóm khoáng sản đá quý: Gồm có rubi, saphia, opalcalcedon tập trung ở Đăk Tô, Konplong.
Đất: được chia thành 5 nhóm với 17 loại đất chính:
1) Nhóm đất phù sa: Gồm ba loại đất chính là đất phù sa được bồi, đất phù sa loang lổ, đất phù sa ngoài suối.
2) Nhóm đất xám: Gồm hai loại đất chính là đất xám trên mácma axít và đất xám trên phù sa cổ.
3) Nhóm đất vàng: Gồm 6 loại chính là đất nâu vàng trên phù sa cổ, đất đỏ vàng trên mácma axít, đất đỏ vàng trên đá sét và biến chất, đất nâu đỏ trên đá bazan phong hoá, đất vàng nhạt trên đá cát và đất nâu tím trên đá bazan.
4) Nhóm đất mùn vàng trên núi: Gồm 5 loại đất chính là đất mùn vàng nhạt có nơi Potzon hoá, đất mùn vàng nhạt trên đá sét và biến chất, đất mùn nâu đỏ trên mácma bazơ và trung tính, đất mùn vàng đỏ trên mácma axít.
5) Nhóm đất thung lũng: Chỉ có một loại đất chính là đất thung lũng có sản phẩm dốc tụ.