Cơ cấu tổ chức bộ máy Trung tâm Xúc tiến đầu tư và Hỗ trợ khởi nghiệp tỉnh Kon Tum gồm có:

- Giám đốc và 1 Phó Giám đốc và 02 (hai) phòng chuyên môn:

- Phòng nghiệp vụ xúc tiến đầu tư và hỗ trợ khởi nghiệp.

- Phòng Phòng Tổ chức - Hành chính.