Theo đó, Ban quản lý dự án khu vực Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Bờ Y trực thuộc Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh trên cơ sở các Ban quản lý dự án hiện có của Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh gồm: Ban quản lý các dự án đầu tư và Ban quản lý các dự án quy hoạch.

Ban quản lý dự án là tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh, hoạt động theo cơ chế tự chủ về tài chính, tự bảo đảm chi thường xuyên theo quy định của Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14 tháng 2 năm 2015 của Chính phủ. 

Ban quản lý có con dấu riêng, có tài khoản tại Kho Bạc Nhà nước để giao dịch theo quy định của pháp luật.

* Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn: Thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 7 và Điều 8 Thông tư số 16/2016/TT-BXD ngày 30 tháng 6 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng hướng dẫn thực hiện một số Điều của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP ngày 18/6/2015 của Chính phủ về hình thức tổ chức quản lý dự án đầu tư xây dựng và các văn bản khác có liên quan.

* Cơ cấu tổ chức:

- Lãnh đạo Ban quản lý gồm: Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc. Giám đốc, Phó Giám đốc và Kế toán trưởng Ban quản lý dự án do Trưởng Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh bổ nhiệm sau khi có ý kiến thống nhất của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh.

- Các phòng (ban) thuộc Ban quản lý: Khối các phòng (ban) chức năng, nghiệp vụ gồm: Văn phòng Ban quản lý dự án (thực hiện cả chức năng tài chính - kế toán); Phòng kế hoạch - tổng hợp; Phòng kỹ thuật - thẩm định; Các phòng (ban) khác (nếu cần thiết) theo yêu cầu cụ thể của dự án; Khối các phòng (ban) điều hành dự án: Được thành lập theo từng dự án cụ thể (nếu có). Phòng (ban) điều hành dự án có 01 Giám đốc quản lý dự án do Giám đốc Ban quản lý dự án bổ nhiệm, miễn nhiệm để trực tiếp điều hành, quản lý, thực hiện dự án được giao. Giám đốc quản lý dự án phải có đủ điều kiện năng lực theo quy định của pháp luật về xây dựng.