Cơ cấu tổ chức bộ máy Trung tâm Xúc tiến đầu tư và Hỗ trợ khởi nghiệp tỉnh Kon Tum gồm có:
- Giám đốc và 1 Phó Giám đốc và 02 (hai) phòng chuyên môn:
- Phòng nghiệp vụ xúc tiến đầu tư và hỗ trợ khởi nghiệp.
- Phòng Phòng Tổ chức - Hành chính.